CLASE

CLASE programa para Clasificación numérica escrito por Lcgarcia^[1] , en 1976 en FORTRAN IV, con base en algoritmos y métodos de Clifford y Stephenson, 1975. El programa ha sufrido (¡literalmente!) varias modificaciones: en 1986 J. L. Jurado Montaño incluyó índices de asociación citados por Mateucci y Colma, 1982; en 1996 Mónica Toro migró CLASE a 4^thDimension^®. (¿Un cambio cada 10 años? Entonces este año debería hacerse un ajuste. ¿Cuál?)

CLASE permite efectuar clasificaciones aglomerativas, politéticas cualitativas (mediante el cálculo de índices de similitud de Jaccard, Czekanowski, o apareamiento simple…) y cuantitativas (mediante el cálculo de distancia euclidiana e índices de similitud de Bray-Curtis, Sokal y otros).

Los datos de entrada son una matriz de presencia/ausencia, frecuencia, abundancia^[2] , n individuos por m atributos. Los datos pueden ser transformados y estandarizados en varias formas; puesto que los datos se leen de un banco de datos en 4^thD, es posible trabajar con toda la matriz o un subconjunto de ella, mediante búsquedas estructuradas (politéticas) o utilizando criterios simples de inclusión/exclusión de determinados individuos o atributos.

Se pueden efectuar clasificaciones directas, i. e., agrupamiento de individuos por atributos comunes o inversas, agrupamiento de atributos que comparten los mismos individuos.

Índices de diversidad y similitud. Con los listados de presencia - ausencia y abundancia de especies por sitio se calculan índices de diversidad, uniformidad, riqueza de Shannon-Weaver, Simpson, MacArthur, Fager mediante el programa Diver, independiente de CLASE.

Apostillas

1. ^  CLASE inició en 1975 como un trabajo de clase, con Steve Godley para un curso de postgrado de Steve Bloom en ecología cuantitativa en UF. Se modificó un programa más simple (CLASS) elaborado por S. Bloom para incluir permitir reducciones del conjunto de datos e incluir algunos índices de afinidad faunística (Simpson y otros) empleados por Roy McDiarmid en sus análisis de herpetofauna de la costa pacífica de México (¿fecha?). CLASE fue ensayado en una matriz tomada de McDiarmid (elaborada por él) que era cualitativa (presencia/ausencia) y se reemplazó por una matriz de abundancia inferida por la frecuencia de una sp dada en las colecciones herpetológicas (USNM, USC, UC, Stanford, Penn, Harvard, Yale, etc.) cuyos catálogos estaban publicados. Se tomaron 20+ sitios cada uno 15' de grado de anchura a lo largo del gradiente latitudinal de N a S. Análisis permitió refinar hallazgos de McDiarmid y mejoró interpretación ecológica de agrupamientos. (Programa tenía un tamaño de 186 kB, el conjunto de datos 148 kB y por tanto se requería permiso para correr el programa en el centro de cómputo de UF.)
2. ^  Se pueden utilizar datos directos o indirectos (derivados de una correlación o extrapolación).