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'''CLASE''' programa para [[Clasificación numérica]] escrito por [[Usuario:Lcgarcia|Lcgarcia]]{{ref|autor}}, en 1976 en FORTRAN IV, con base en algoritmos y métodos de [[Clifford y Stephenson, 1975]]. El programa ha sufrido (¡literalmente!) varias modificaciones: en 1986 J. L. Jurado Montaño incluyó índices de asociación citados por [[Mateucci y Colma, 1982]]; en 1996 [[usuario:Mmtoro|Mónica Toro]] ''migró'' '''CLASE''' a 4<sup>th</sup>Dimension<sup>®</sup>. (¿Un cambio cada 10 años? Entonces este año debería hacerse un ajuste. ¿Cuál?)
'''CLASE''' programa para [[Clasificaci�n num�rica]] escrito por [[Usuario:Lcgarcia|Lcgarcia]]{{ref|autor}}, en 1976 en FORTRAN IV, con base en algoritmos y m�todos de [[Clifford y Stephenson, 1975]]. El programa ha sufrido (�literalmente!) varias modificaciones: en 1986 J. L. Jurado Monta�o incluy� �ndices de asociaci�n citados por [[Mateucci y Colma, 1982]]; en 1996 [[usuario:Mmtoro|M�nica Toro]] ''migr�'' '''CLASE''' a 4<sup>th</sup>Dimension<sup></sup>. (�Un cambio cada 10 a�os? Entonces este a�o deber�a hacerse un ajuste. �Cu�l?)


'''CLASE''' permite efectuar [[Clasificación numérica|clasificaciones]] aglomerativas, politéticas cualitativas (mediante el cálculo de índices de similitud de [[Jaccard]], [[Czekanowski]], o [[apareamiento simple]]) y cuantitativas (mediante el cálculo de [[DER|distancia euclidiana]] e índices de similitud de [[Bray-Curtis]], [[Sokal]] y otros).  
'''CLASE''' permite efectuar [[Clasificaci�n num�rica|clasificaciones]] aglomerativas, polit�ticas cualitativas (mediante el c�lculo de �ndices de similitud de [[Jaccard]], [[Czekanowski]], o [[apareamiento simple]]) y cuantitativas (mediante el c�lculo de [[DER|distancia euclidiana]] e �ndices de similitud de [[Bray-Curtis]], [[Sokal]] y otros).  


Los datos de entrada son una matriz de presencia/ausencia, frecuencia, abundancia{{ref|dato}}, '''<big>n</big>''' ''individuos'' por '''<big>m</big>''' ''atributos''. Los datos pueden ser transformados y estandarizados en varias formas; puesto que los datos se leen de un  banco de datos en 4<sup>th</sup>D, es posible trabajar con toda la matriz o un subconjunto de ella, mediante búsquedas estructuradas (politéticas) o utilizando criterios simples de inclusión/exclusión de determinados individuos o atributos.  
Los datos de entrada son una matriz de frecuencia o abundancia{{ref|dato}} que se puede convertir a presencia/ausencia, de  '''<big>n</big>''' ''individuos'' por '''<big>m</big>''' ''atributos''. Los datos pueden ser transformados y estandarizados en varias formas; puesto que los datos se leen de un  banco de datos en 4<sup>th</sup>D, es posible trabajar con toda la matriz o un subconjunto de ella, mediante b�squedas estructuradas (polit�ticas) o utilizando criterios simples para inclusi�n/exclusi�n de determinados individuos o atributos. Se puede hacer una clasificaci�n ''cualitativa'' -con la matriz transformada a presencia/ausencia- o ''cuantitativa'' con la matriz original. Se pueden efectuar clasificaciones ''directas'', i. e., agrupamiento de ''individuos por atributos comunes'' o ''inversas'', agrupamiento de atributos que comparten los mismos individuos.  


Se pueden efectuar clasificaciones ''directas'', i. e., agrupamiento de ''individuos por atributos comunes'' o ''inversas'', agrupamiento de atributos que comparten los mismos individuos.
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==�ndices de diversidad y similitud==
Índices de diversidad y similitud. Con los listados de presencia - ausencia y abundancia de especies por sitio se calculan índices de diversidad, uniformidad, riqueza de Shannon-Weaver, Simpson, MacArthur, Fager mediante el programa [[Diver]], independiente de '''CLASE'''.   
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Con los listados de presencia - ausencia y abundancia de especies por localidad o fecha se calculan �ndices de diversidad, uniformidad, riqueza de Shannon-Weaver, Simpson, MacArthur, Fager mediante el programa [[Diver]], independiente de '''CLASE'''.   


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==Apostillas==
==Apostillas==
#{{notas|autor}} CLASE se inició en 1975, con Steve Godley, como un trabajo de clase de ''ecología cuantitativa'', un curso de postgrado del Dr. Steve Bloom en en UF. Se modificó un programa más simple (CLASS) elaborado por S. Bloom para permitir ''reducciones'' del conjunto de datos (tanto individuos como atributos) e incluir algunos índices de ''afinidad faunística'' (Simpson y otros) empleados por Dr. Roy McDiarmid en sus análisis de herpetofauna de la costa pacífica de México <font color=green>(¿fecha?)</font>. CLASE fue ensayado con una matriz tomada de McDiarmid (elaborada por él) que era ''cualitativa'' (presencia/ausencia) y se reemplazó por una matriz de ''abundancia'', inferida ésta por la ''frecuencia'' de una sp dada en las colecciones herpetológicas (USNM, USC, sistema UC, Stanford, Penn, Harvard, Yale, etc., etc.) cuyos catálogos estaban publicados (realmente McDiarmid preparó también esta 2<sup>a</sup> matriz). Se tomaron 20+ ''sitios'' cada uno 15' de grado de anchura a lo largo del gradiente latitudinal N - S desde el nivel del mar hasta la divisoria continental, con algunas excepciones. El análisis permitió ''refinar'' hallazgos de McDiarmid y mejoró interpretación ecológica de agrupamientos. El trabajo antes de concluir se presentó en el simposio de herpetología de 1975. Tanto el manuscrito como el librito de memorias están perdidos; subsisten si los ''decks'' (mazos) de tarjetas Hollerith del programa y de la base de datos. Con base en estos se reconstruyó CLASE como se indicó arriba. (El programa ''CLASE'' tenía un tamaño de 186 kB, el conjunto de datos 148 kB y por tanto se requería permiso para correr el programa en el centro de cómputo de UF y debía ser en horario nocturno para evitar congestiones. ¡Cómo han cambiado las cosas!)
#{{notas|autor}} CLASE se inici� en 1975, con Steve Godley, como un trabajo de clase de ''ecolog�a cuantitativa'', un curso de postgrado del Dr. Steve Bloom en en USF. Se modific� un programa m�s simple (CLASS) elaborado por S. Bloom para permitir ''reducciones'' del conjunto de datos (tanto individuos como atributos) e incluir algunos �ndices de ''afinidad faun�stica'' (Simpson y otros) empleados por Dr. Roy McDiarmid en sus an�lisis de herpetofauna de la costa pac�fica de M�xico <font color=green>(�fecha?)</font>. CLASE fue ensayado con una matriz tomada de McDiarmid (elaborada por �l) que era ''cualitativa'' (presencia/ausencia) y se reemplaz� por una matriz de ''abundancia'', inferida �sta por la ''frecuencia'' de una sp dada en las colecciones herpetol�gicas (USNM, USC, sistema UC, Stanford, Penn, Harvard, Yale, etc., etc.) cuyos cat�logos estaban publicados (realmente McDiarmid prepar� tambi�n esta 2<sup>a</sup> matriz). Se tomaron 20+ ''sitios'' cada uno 15' de grado de anchura a lo largo del gradiente latitudinal N - S desde el nivel del mar hasta la divisoria continental, con algunas excepciones. El an�lisis permiti� ''refinar'' hallazgos de McDiarmid y mejor� interpretaci�n ecol�gica de agrupamientos. En el simposio de herpetolog�a de 1975 se present� una versi�n preliminar del an�lisis hecho con CLASE. Tanto el manuscrito como el librito de memorias est�n perdidos; subsisten si los ''decks'' (mazos) de tarjetas Hollerith del programa y de la base de datos. Con base en estos se reconstruy� CLASE como se indic� arriba. (Ing. Jorge Ram�n de UIS, entonces estudiante de postgrado en UofM, optimiz� '''CLASE''' en unas vacaciones en USF; a�n as�, el programa ten�a un tama�o de 186 kB, el conjunto de datos 148 kB y por tanto se requer�a autorizaci�n para correrlo en el centro de c�mputo de USF; la administradora del CC prefer�a que se hiciera en horario nocturno para evitar congestiones. �C�mo han cambiado las cosas!)
#{{notas|dato}} Se pueden utilizar datos directos o indirectos (derivados de una correlación o extrapolación).
#{{notas|dato}} Se pueden utilizar datos directos o indirectos (derivados de una correlaci�n o extrapolaci�n).
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Revisión del 04:23 26 ago 2006

CLASE programa para [[Clasificaci�n num�rica]] escrito por Lcgarcia[1] , en 1976 en FORTRAN IV, con base en algoritmos y m�todos de Clifford y Stephenson, 1975. El programa ha sufrido (�literalmente!) varias modificaciones: en 1986 J. L. Jurado Monta�o incluy� �ndices de asociaci�n citados por Mateucci y Colma, 1982; en 1996 M�nica Toro migr� CLASE a 4thDimension. (�Un cambio cada 10 a�os? Entonces este a�o deber�a hacerse un ajuste. �Cu�l?)

CLASE permite efectuar [[Clasificaci�n num�rica|clasificaciones]] aglomerativas, polit�ticas cualitativas (mediante el c�lculo de �ndices de similitud de Jaccard, Czekanowski, o apareamiento simple�) y cuantitativas (mediante el c�lculo de distancia euclidiana e �ndices de similitud de Bray-Curtis, Sokal y otros).

Los datos de entrada son una matriz de frecuencia o abundancia[2] que se puede convertir a presencia/ausencia, de n individuos por m atributos. Los datos pueden ser transformados y estandarizados en varias formas; puesto que los datos se leen de un banco de datos en 4thD, es posible trabajar con toda la matriz o un subconjunto de ella, mediante b�squedas estructuradas (polit�ticas) o utilizando criterios simples para inclusi�n/exclusi�n de determinados individuos o atributos. Se puede hacer una clasificaci�n cualitativa -con la matriz transformada a presencia/ausencia- o cuantitativa con la matriz original. Se pueden efectuar clasificaciones directas, i. e., agrupamiento de individuos por atributos comunes o inversas, agrupamiento de atributos que comparten los mismos individuos.

�ndices de diversidad y similitud

Con los listados de presencia - ausencia y abundancia de especies por localidad o fecha se calculan �ndices de diversidad, uniformidad, riqueza de Shannon-Weaver, Simpson, MacArthur, Fager mediante el programa Diver, independiente de CLASE.

Apostillas

  1. ^  CLASE se inici� en 1975, con Steve Godley, como un trabajo de clase de ecolog�a cuantitativa, un curso de postgrado del Dr. Steve Bloom en en USF. Se modific� un programa m�s simple (CLASS) elaborado por S. Bloom para permitir reducciones del conjunto de datos (tanto individuos como atributos) e incluir algunos �ndices de afinidad faun�stica (Simpson y otros) empleados por Dr. Roy McDiarmid en sus an�lisis de herpetofauna de la costa pac�fica de M�xico (�fecha?). CLASE fue ensayado con una matriz tomada de McDiarmid (elaborada por �l) que era cualitativa (presencia/ausencia) y se reemplaz� por una matriz de abundancia, inferida �sta por la frecuencia de una sp dada en las colecciones herpetol�gicas (USNM, USC, sistema UC, Stanford, Penn, Harvard, Yale, etc., etc.) cuyos cat�logos estaban publicados (realmente McDiarmid prepar� tambi�n esta 2a matriz). Se tomaron 20+ sitios cada uno 15' de grado de anchura a lo largo del gradiente latitudinal N - S desde el nivel del mar hasta la divisoria continental, con algunas excepciones. El an�lisis permiti� refinar hallazgos de McDiarmid y mejor� interpretaci�n ecol�gica de agrupamientos. En el simposio de herpetolog�a de 1975 se present� una versi�n preliminar del an�lisis hecho con CLASE. Tanto el manuscrito como el librito de memorias est�n perdidos; subsisten si los decks (mazos) de tarjetas Hollerith del programa y de la base de datos. Con base en estos se reconstruy� CLASE como se indic� arriba. (Ing. Jorge Ram�n de UIS, entonces estudiante de postgrado en UofM, optimiz� CLASE en unas vacaciones en USF; a�n as�, el programa ten�a un tama�o de 186 kB, el conjunto de datos 148 kB y por tanto se requer�a autorizaci�n para correrlo en el centro de c�mputo de USF; la administradora del CC prefer�a que se hiciera en horario nocturno para evitar congestiones. �C�mo han cambiado las cosas!)
  2. ^  Se pueden utilizar datos directos o indirectos (derivados de una correlaci�n o extrapolaci�n).

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