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Los '''ríos''' corresponden a las grandes corrientes de agua dulce (ecosistemas lóticos), en el tramo de estudio se ubican además del Magdalena, sus tributarios San Bartolomé y Pescado sobre la margen izquierda; San Juan, Carare, Opón, Cascajales y La Colorada sobre la margen derecha y de sur norte. Le tributan también en el tramo, otras corrientes menores como quebradas y arroyos. 

Debido a la dinámica fluvial, el río puede presentar uno o dos canales principales dentro de su cauce. El tramo del interés de este estudio es  en general de cauce trenzado, con brazos, islas y áreas de desborde. 

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